Πριν από λίγες ημέρες έγινε γνωστή η είδηση της εγκυμοσύνης της. Μέχρι τότε είχε φυλάξει καλά το «μυστικό» της από τα μέσα. Η Θεοφανία Παπαθωμά περιμένει το τρίτο της παιδί και αποκάλυψε λεπτομέρειες για την ξεχωριστή φάση που διανύει.
Τον Ιανουάριο του 2015 έφερε στον κόσμο τον καρπό του έρωτά της με τον Γρηγόρη Πετράκο, την κόρη της, Αγάπη. Το 2017 την βρίσκει να περιμένει το δεύτερο παιδί τους.
Η ηθοποιός δήλωσε χαρακτηριστικά στη Real Life και τον Βασίλη Μπουζιώτη: «Πράγματι περιμένουμε και πάλι τον πελαργό. Είμαι 4 μηνών έγκυος και η εγκυμοσύνη μου είναι πολύ καλή. (...) Αναγκάστηκα να ακυρώσω τις δουλειές που είχα προγραμματίσει για το καλοκαίρι, αλλά θα επιστρέψω σύντομα, γιατί μου έχει λείψει ο χώρος (...) Δεν γνωρίζουμε το φύλο του παιδιού, αλλά είμαστε ευτυχείς που θα μεγαλώσει η οικογένειά μας. Γύρω στον Οκτώβριο θα έρθει στον κόσμο, μαζί με το νέο μου παραμυθάκι πρώτα ο θεός».
