“Δεν υπάρχει αλήθεια. Υπάρχει μόνο αντίληψη”.
Η “Μαντάμ Μποβαρύ” διαδραματίζεται στην επαρχιακή βόρεια Γαλλία, κοντά στην πόλη της Ρουέν στη Νορμανδία -και γενέτειρα του Φλομπέρ. Ο Σαρλ Μποβαρύ είναι ένας ντροπαλός, περίεργα ντυμένος έφηβος που καταφθάνει στο νέο του σχολείο, όπου και δέχεται κοροϊδίες από τους νέους συμμαθητές του. Μετά από τεράστια προσπάθεια, καταφέρνει να αποκτήσει πτυχίο Ιατρικής από μια σχολή δεύτερης διαλογής και διορίζεται στη δημόσια Υπηρεσία Υγείας της Περιοχής. Παντρεύεται τη γυναίκα που η μητέρα του επέλεξε γι’ αυτόν, την δυσάρεστη αλλά πλούσια χήρα Ελοίζ Ντουμπούκ. Τότε, μετακομίζει το ιατρείο του στο χωριό Τοτ.
Μια μέρα, ο Σαρλ επισκέπτεται μια φάρμα της περιοχής ώστε να περιποιηθεί το σπασμένο πόδι του κτηματία, και γνωρίζει την κόρη του, Έμμα Ρουό. Η Έμμα είναι μια όμορφη, κομψά ντυμένη νεαρή γυναίκα που έχει λάβει “σωστή” εκπαίδευση σε μοναστήρι. Έχει μια δυνατή ανάγκη για ζωή με λούσα και ρομάντζο, το οποίο έχει εμπνευστεί διαβάζοντας δημοφιλή μυθιστορήματα της εποχής. Ο Σαρλ την ερωτεύεται αμέσως, και επισκέπτεται τον ασθενή του πολύ περισσότερο από το αναγκαίο, οδηγούμενος από τη λαχτάρα του να την δει, μέχρι που η ζήλια της Ελοίζ βάζει ένα τέλος στις επισκέψεις του.
Όταν η Ελοίζ πεθαίνει απρόσμενα, ο Σαρλ περιμένει ένα αποδεκτό διάστημα προτού φλερτάρει την Έμμα με σοβαρότητα.
Το μυθιστόρημα τότε μετατοπίζει την εστίασή του στην Έμμα. Ο Σαρλ έχει καλές προθέσεις, αλλά είναι βραδυκίνητος και ατσούμπαλος. Αφότου αυτός και η Έμμα παρίστανται σε ένα καλαίσθητο χορό που διοργανώνει ο Μαρκήσιος του Αντερβιλιέ, η Έμμα αποφασίζει ότι ο έγγαμος βίος με τον σύζυγο της είναι βαρετός και γίνεται απαθής. Ο Σαρλ τότε αποφασίζει πως η γυναίκα του χρειάζεται μια αλλαγή σκηνικού και μετακομίζει το ιατρείο του σε μια μεγαλύτερη, εμπορική πόλη, την Γιόνβιλ. Εκεί, η Έμμα γεννάει την κόρη της, Μπέρθε, αλλά ούτε η μητρότητα γεμίζει το κενό στη ζωή της. Στην Γιόνβιλ γνωρίζει έναν έξυπνο νέο, φοιτητή Νομικής, τον Λεόν Ντουπουί, ο οποίος μοιράζεται πολλά από τα ενδιαφέροντα της και την εκτίμηση της για την λογοτεχνία και την μουσική. Ανήσυχη για την διατήρηση της εικόνας της ως αφοσιωμένη μητέρα και σύζυγος, η Έμμα δεν παραδέχεται το πάθος της για τον Λεόν, βρίσκοντας παρηγοριά στη σκέψη της αθωότητάς της. Ο Λεόν, σε απόγνωση από έρωτα για αυτήν, μετακομίζει στο Παρίσι για να ολοκληρώσει τις σπουδές του.