Η έκθεση διαρθρώνεται σε εννέα ενότητες:
Οι πρωταγωνιστές
α. Ο Φίλιππος
β. Ο Αλέξανδρος
γ. Ο Δημοσθένης
Οι αντίπαλοι
α. Οι Μακεδόνες: Η μακεδονική φάλαγγα
β. Ο συνασπισμός των ελληνικών πόλεων: Ο Ιερός Λόχος και η Αθήνα
Η διαχείριση της μνήμης της μάχης στο πεδίο
α. Το Πολυάνδριο του Ιερού Λόχου
β. Ο Τύμβος των Μακεδόνων
γ. Οι ταφικές πρακτικές των Μακεδόνων
Τιμώντας τη μάχη στην Αθήνα
Η Βοιωτία και η Θήβα μετά τη μάχη
α. Καταστροφή και ανοικοδόμηση της Θήβας
Ο νέος ελληνιστικός κόσμος μετά τη μάχη
α. Ο πλούτος του ελληνιστικού κόσμου
β. «Μακεδονικότητες» της Βοιωτίας
Η αρχαιολογική ανάκτηση της μάχης (Π. Σταματάκης και Γ. Σωτηριάδης)
Η σύγχρονη πρόσληψη της μάχης
α. Περιηγητές
β. Ζωγράφοι
γ. Διεθνής, εθνικός και τοπικός τύπος
Η μάχη της Χαιρώνειας…σήμερα
Στην τελευταία αυτή ενότητα, επιχειρείται μια πρωτοποριακή προσέγγιση της μάχης με σύγχρονα μέσα, στοχεύοντας σε νεανικά κοινά που δεν έχουν απαραιτήτως συχνή επαφή με τον χώρο των μουσείων. Σε αυτή την ενότητα, μπορεί κανείς να δει ένα διόραμα της μάχης της Χαιρώνειας με χειροποίητες φιγούρες playmobil ειδικής κατασκευής από τους συλλέκτες Άγγελο Γιακουμάτο και Τάσο Παναζόπουλο που έγιναν για την έκθεση με την υποστήριξη της Playmobil Hellas αλλά και μια αφήγηση της ιστορίας με τη χρήση comics.
Επίσης, σε αυτό το σημείο της έκθεσης, οι επισκέπτες μπορούν να βιώσουν αυτή την κομβική στιγμή της αρχαίας ελληνικής ιστορίας μέσα από δύο ταινίες που δημιουργήθηκαν από την εταιρεία Ubisoft βασισμένες στα βιντεοπαιχνίδια Assassin's Creed Odyssey και Assassin's Creed Origins και απεικονίζουν το ιστορικό πλαίσιο πριν και μετά τη μάχη της Χαιρώνειας. Οι ταινίες δημιουργήθηκαν αποκλειστικά για την έκθεση και βοηθούν τους επισκέπτες να φανταστούν πώς ήταν οι άνθρωποι, οι πόλεις και οι χώρες την εποχή εκείνη.
Η μουσειογραφική μελέτη της έκθεσης εκπονήθηκε από τους δύο επιμελητές. Για τον αρχιτεκτονικό σχεδιασμό, οι επιμελητές συνεργάστηκαν στενά με τις αρχιτέκτονες Κατερίνα Αποστόλου και Δέσποινα Τσάφου, ακολουθώντας μια πρωτοπόρα προσέγγιση που δίνει έμφαση τόσο στη σκηνογραφία της αφήγησης όσο και στην αισθητηριακή εμπειρία του επισκέπτη. Η ενότητα «Η μάχη της Χαιρώνειας… σήμερα» σχεδιάστηκε σε συνεργασία των επιμελητών με την αρχιτέκτονα Χαρά Μαραντίδου.
Η έκθεση συνοδεύεται από κατάλογο αλλά και από e-book με δοκίμια μελετητών. Ο κατάλογος, αποτελείται από 450 σελίδες και παρουσιάζει όλα τα αντικείμενα της έκθεσης ανά ενότητα. Το e-book που διατίθεται στο Cycladic.gr, περιλαμβάνει όλα τα επιστημονικά δοκίμια σχετικά με την έκθεση, τις πρόσφατες έρευνες και τις μελλοντικές προοπτικές. Σε αυτόν συμβάλλουν με κείμενά τους μερικοί εκ των κορυφαίων επιστημόνων στον τομέα. Επίσης, με στόχο την προαγωγή της έρευνας για τη Χαιρώνεια, τέλη Φεβρουαρίου του 2024 θα διοργανωθεί διεθνές επιστημονικό συνέδριο.
Στο πλαίσιο της έκθεσης, τέλος, θα πραγματοποιούνται ξεναγήσεις κοινού ενώ το Τμήμα Εκπαιδευτικών και Κοινωνικών Προγραμμάτων του Μουσείου θα προσφέρει εκπαιδευτικές ξεναγήσεις για μαθητές της Δευτεροβάθμιας Εκπαίδευσης καθώς και ξεναγήσεις στη νοηματική γλώσσα.