Παίρνει την ονομασία του από τη Σκύλλα, κόρη του βασιλιά των Μεγάρων, Νίσου, όπου σύμφωνα με τη μυθολογία, όταν ο Μίνωας πολιορκούσε τα Μέγαρα, η Σκύλλα, τρελά ερωτευμένη μαζί του, έκοψε την τρίχα που κρατούσε τον πατέρα της στη ζωή και αυτός πέθανε. Όμως ο Μίνωας την πέταξε στη θάλασσα. Το πτώμα της ξεβράστηκε στην περιοχή του ακρωτηρίου, και αυτός ήταν και ο λόγος που του χαρίστηκε το όνομά της.
Μάλιστα, η περιοχή φαίνεται να έχει κατοικηθεί από την εποχή του Λίθου. Κατά μια δεύτερη εκδοχή, το ακρωτήριο παίρνει τη δεύτερη και πιο διαδεδομένη ονομασία του περί τον 16ο αιώνα από Αρβανίτες της περιοχής, οι οποίοι προσπαθώντας να κρυφτούν από τους Τούρκους που τους καταδίωκαν, χρησιμοποιούσαν την έκφραση «Τσέλιε-βένιε», δηλαδή προσέξτε – έρχονται, ως ειδοποίηση, όταν εντόπιζαν Τουρκικά πλοία να προσεγγίζουν την περιοχή.